프로토타입의 수수께끼 주인공인 '알렉스 마서'는 비밀 연구소에서 탈출하지만 과거의 기억을 잃게 된다. 한가지 사실은 그는 살아있는 몸의 인간이 아니고, 다양한 형상으로 변신할 수 있는 인조 병기“프로토 타입”으로 개량되어 있었다.
본작은 뉴욕의 맨하탄섬을 완전하게 재현한 광대한 오픈 월드가 무대가 된다. 거리에 사람들이 자연스럽게 걸어 다니고, 도로 위로 차들이 달리는 매우 생생한 세계이다. 여기서, 주인공을 제압하기 위해 접근하는 군대 뿐만이 아니라, 정체를 모르는 돌연변이체들과의 격렬한 싸움을 반복하면서, 자신의 과거나 뉴욕이 돌연변이체로 넘쳐나는 이유를 찾아 가게 된다.
주인공은 전투 병기이며, 자신의 육체를 자유롭게 변화시키는“셰이프 시프터”이다. 처음엔 팔만이 돌연변이 상태로, 주인공을 잡기 위해 다가오는 경찰부대나 군인들 과의 싸움으로 뉴욕을 혼란에 빠뜨리게 된다.
알렉스가 사람을 죽이면 그 시체로부터 DNA를 흡수하는데, 이때 그 시체의 기억도 함께 흡수하게 된다. 메인 미션에서는 자신의 육체 개조에 관련된 인물을 살해해, 그 기억을 흡수하는 것으로 자신의 과거에 다가가게 된다.
또한, 알렉스는 살해한 인간의 모습으로 일시적으로 변할 수 있는데, 예를 들면 병사로 변신하여 전방을 막고 있는 군대의 내부에 잠입해, 군대를 지휘하는 상관에게 쉽게 다가가는 것도 가능하다. 빌딩의 측면을 뛰어 오르거나 건물에서 건물로 점프 하거나, 도로의 자동차를 밀치면서 빠져 나가는 등, 마치 스파이더 맨이나 초인 헐크 그 자체다.
그리고 프로토타입에서는 전차로 뛰어 올라 상부 해치를 벗겨, 전차 안의 병사를 없애고 스스로 조종 할 수도 있다. 전차병의 조종 능력 뿐만이 아니라, 기지의 장소를 자신의 기억으로 흡수 하는 것도 가능하다. 사람을 죽일 때 마다, 알렉스의 육체는 한층 더 보기 흉하고, 강력하게 변화하게 된다. (공격법이나 신체 능력등을 모두 조합하면, 약 750가지의 다양한 변신이 가능하다.)
본작은 Titanium Engine로 불리는 게임 엔진을 이용해 제작되고 있다. 이것은 기존의 게임 엔진을 Xbox 360 등 이른바 차세대 게임기 전용으로 다시 만든 것으로, 보다 먼 곳까지 바라볼 수 있게 된 원경 묘사나, 완성시에는 1스크린에 50명에서 200명까지 표시가 가능하게 된다. 그리고 게임을 전개시키는 물리 연산등의 면에서도 큰폭으로 파워업 되었다. 파괴된 장소의 불탄 자리나 유리파편의 흔적 등, 게임의 사실감을 더욱 높이고 있다.
프로타입의 전투씬 중 눈길을 끄는 것은 전투 헬기를 탈취하는 씬이다. 빌딩의 높은 곳에서 점프 해 헬기에 매달려, 옆으로 이동해 간다. 그리고 유리를 벗겨내면 파일럿이 놀라고 있는 행동을 보이는 것도 잠시, 바로 안에 침입해 파일럿을 살해하고 그 조종 능력의 기억을 흡수해 스스로 헬기를 조정할 수 있게 된다.
프로토타임은 게임의 조종방법도 간단한데, 모두 방향 버튼과 점프 버튼만으로 조작할 수 있어, 조작도 매우 간소화 하고 있다.
